1994年1月26日，深圳足球俱乐部正式挂牌，施行会员制。首期会员由7个团体常任会员、13个团体会员、22个个人会员组成。
1994年10月21日，深圳足球俱乐部队获得全国乙级联赛冠军，进入甲B联赛行列。1995年，深圳足球俱乐部队获得甲B联赛的冠军，晋升甲A行列，创造了中国足坛一支俱乐部球队从成立到进入顶级联赛的最快纪录。
1997年1月22日，总部位于深圳的中国平安保险公司全资收购深圳足球俱乐部，深圳足球俱乐部队更名为深圳足球俱乐部深圳平安队，李钢任董事长，高继先任总经理。
1998年，深圳平安足球队聘请二十世纪亚洲最杰出的足球运动员，曾率韩国队参加法国世界杯的车范根担任主教练，开中国足球俱乐部聘请世界知名教练之先河，在国内外引起极大的震动。
2000年，深圳足球俱乐部与中国科健股份有限公司合作，球队以深圳平安科健队的队名参加全国足球甲A联赛，获得了第九名的历史最佳成绩。
2001年，深圳足球俱乐部与中国科健股份有限公司再度合作，球队以深圳科健平安队的队名参加全年所有比赛。
2001年，深圳科健平安队在主教练朱广沪的带领下，获得了甲A联赛的第五名的历史最佳成绩。
2001年，深圳队队长李玮锋代表中国国家队参加世界杯外围赛，攻进二个关键球，为中国队首次进入世界杯决赛圈立下了赫赫战功。
2002年，深圳平安队成绩更上一层楼，获得了甲A的半程冠军，成为继大连实德、上海申花之后第三支获得甲A半程冠军的球队，并最终获得甲A联赛的亚军。
2002年8月，深圳平安队队长李玮锋租借到英超的埃弗顿队，成为首位直接登陆英超的中国球员。
2002年12月30日，广东健力宝集团从中国平安保险股份有限公司手中全资收购深圳市足球俱乐部，并成功进行股份制改造，决心为中国足坛注入新动力，打造超一流俱乐部，俱乐部的名称也更名为深圳市健力宝足球俱乐部有限公司。
2004年4月，深圳健力宝足球俱乐部与苏格兰足球霸主——格拉斯哥流浪者足球俱乐部结成战略伙伴。希望能籍此强化俱乐部的各方面的储备，推动俱乐部向国际化、市场化和职业化的方向发展。
深圳足球队的主场设在深圳市体育场，能容纳33000名观众。深圳是中国经济发展速度最快、人均生产总值和收入最高的城市。深圳高楼鳞次栉比，道路宽广整洁，花团锦簇，绿草如茵，是中国唯一的国际花园城市，也是中国最具吸引力的城市。
深圳市健力宝足球俱乐部的目标是“国内领先、亚洲一流、世界知名”。俱乐部的全体人员将与关心支持深圳足球的各界人士一起为此而不懈努力，争取为中国足球事业的发展作出更大的贡献。
不过，2005年赛季因为前俱乐部董事长张海经营不善，球队财政状态糟糕，最终郑智、郑斌等一批国脚出走，大大影响了该队新赛季的实力，最终在该赛季名列第12位。在本赛季的转会中，该队失去了杨晨、李玮峰等球星，实力大打折扣，前景不容乐观。